锁定！ceRNA研究思路！

ceRNA（竞争性内源RNA）是近几年的研究热点，已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默，而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。ceRNA（最常见的为lncRNA和circRNA）可以通过应答元件（microRNA response elements, MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。相较于microRNA调控网络，ceRNA作为一种全新的基因表达调控模式，其更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子。伯豪ceRNA芯片（可同时检测circRNA、lncRNA、mRNA）自推出以来，已助力众多科研工作者在ceRNA研究领域取得了喜人的研究成果，发表了十多篇ceRNA研究文章，总影响因子88.91，平均影响因子为5.23。

ceRNA芯片作为高性价比的高通量筛选工具，能够一次性筛选分析实验组和对照组的大量差异基因，那么如何从众多的差异结果里挑选出实验相关的最具有代表性的ceRNA(circRNA/lncRNA)进行后续的功能机制研究呢，下面的几篇伯豪客户的ceRNA文章将给大家提供一些思路。

circTP63作为ceRNA通过上调FOXM1促进肺鳞状细胞癌进展

发布期刊：

Nat Commun (IF:11.87)

关键词：

肺鳞状细胞癌、ceRNA、FOXM1、细胞周期

研究背景：

非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌的主要组织学类型，其中肺鳞状细胞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）是主要的亚型，目前针对特定基因突变的靶向药物的开发极大地改善了晚期LUAD患者的治疗，但是LUSC的治疗尚不明朗，因此寻找治疗LUSC的潜在分子靶点变得尤为重要。近年来，circRNA作为一种新型的调控RNA分子，引起了广泛的关注，但目前尚未全面探讨circRNA在LUSC中的作用和机制。

研究内容：

本文研究人员利用ceRNA芯片检测了5对LUSC患者组织中circRNA和mRNA的表达谱。通过分析差异表达的circRNA和mRNAs的共表达网络，发现细胞周期相关的circRNA circTP63在LUSC组织中上调，且其上调与LUSC患者肿瘤体积较大、TNM分期较高有关。circTP63的表达升高促进了癌细胞在体内和体外的增殖。从机理上讲，circTP63与FOXM1共享miRNA反应元件。

研究结论：

circTP63竞争性地与miR-873-3p结合，解除其对FOXM1表达抑制作用，进而上调CENPA和CENPB，最终推动细胞周期进展。

目标ceRNA锁定思路：

研究人员通过对ceRNA芯片结果中差异mRNA富集到的通路进行分析，发现细胞周期是显著富集到的通路，将细胞周期相关的109个mRNA与差异显著的前100个circRNA进行共表达分析，挑选出与细胞周期密切相关的6个circRNA，然后通过qPCR定量验证锁定目标circRNA。

图1：LUSC中目标circRNA分析流程图

lncRNA UCA1通过miR-143/MYO6轴促进结直肠癌进展

发布期刊：

Mol Ther Nucleic Acid  (IF:5.92)

关键词：

外泌体、结直肠癌、lncRNA、ceRNA

研究背景：

外泌体通过传递多种生物分子，包括长链非编码RNA(LncRNAs)，介导癌症进展中的细胞间通讯。尿路上皮癌相关长链非编码RNA(UCA1)是一种广为人知的LncRNA，与包括结直肠癌(CRC)在内的多种癌症的发生发展有关。然而，UCA1在外泌体中的情况以及外泌体UCA1在CRC中的作用机制和临床价值仍不清楚。

研究内容：

本文研究人员利用ceRNA芯片系统地分析了CRC患者外泌体中lncRNA的表达谱。并通过实时定量PCR检测了CRC患者癌组织和血清外泌体中UCA1的表达水平。采用MTT、集落形成、Transwell、RT-qPCR、流式细胞仪和Western blotting等方法研究了UCA1在体内外对CRC的作用。利用miRcode在线数据库预测UCA1的miRNA结合位点，并通过双荧光素酶活性测定和AGO2 RNA免疫沉淀验证UCA1靶向miR-143，同时MYO6是miR-143的直接靶基因。最后，通过与CRC癌细胞共培养，进一步研究了外泌体介导的UCA1作用。

研究结论：

UCA1通过靶向miR-143，解除其对靶基因MYO6的表达抑制作用，进而增强CRC癌细胞的增殖和迁移能力。

目标ceRNA锁定思路：

研究人员通过已有文献了解到长链非编码RNA UCA1在多种癌症的发生发展中起一定的作用，因此研究人员想要了解外泌体UCA1在CRC进展中是否有一定的作用，通过ceRNA芯片和qPCR确定UCA1在CRC中的表达量，然后进行后续分析。

circNT5E作为miR-422a海绵吸附体促进胶质母细胞瘤的发展

发布期刊：

Cancer Res.  (IF:8.38)

关键词：

胶质母细胞瘤、ceRNA、海绵吸附体

研究背景：

胶质母细胞瘤(GBM)是最常见的原发性恶性脑肿瘤，多发生于中枢神经系统，是人类最致命的癌症之一。在GBM的治疗上，以手术、放疗、化疗或其他综合治疗为主的患者术后易复发，预后差，平均存活期约为15个月，而个性化治疗往往存在成功率低且副作用大的问题。因此，急需开发新的治疗方法，特别是那些针对复杂基因调控网络的治疗方法。

研究内容：

本文研究人员对miR-422a下调的胶质母细胞瘤组织中特异性高表达的circRNA和lncRNA进行了研究，发现一种来源于NT5E的新的circRNA circNT5E，受ADARB2的调控。circNT5E控制胶质母细胞瘤的多种病理过程，包括细胞增殖、迁移和侵袭。进一步研究发现circNT5E作为海绵吸附体，直接与miR-422a结合，解除miRNA-422对其下游靶基因的抑制作用，进而影响GBM细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭。此外，研究人员还发现circNT5E可以海绵吸附其他miRNA，在胶质母细胞瘤中表现出肿瘤抑制因子样的特征。

研究结论：

circNT5E能够作为miRNA-422a的海绵吸附体，解除其对下游靶基因的抑制作用，并通过激活Akt、Smad2等信号通路来促进GBM细胞的增殖、迁移及侵袭等活动。

目标ceRNA锁定思路：

研究人员前期的研究表明miRNA-422a在胶质母细胞瘤中具有重要的作用，因此研究人员想要了解是否有上游调控因子参与调控miRNA-422a的作用，因此研究人员通过敲除胶质母细胞瘤组织中的miRNA-422a，分析差异显著的circRNA/lncRNA，通过生信预测，生物素miRNA pulldown等实验锁定miRNA-422a的上游调控因子，即目标ceRNA。

脂肪细胞外泌体circRNA通过靶向去泛素化相关的USP7促进肝细胞癌的生长

发布期刊：

Oncogene (IF:6.63)

关键词：

肝细胞癌、去泛素化、circRNA、外泌体

研究背景：

肝细胞癌（HCC）是肝癌的主要形式，其发病率呈升高趋势，预后表现很差。脂肪组织通过脂肪因子的分泌在能量储存和代谢调节中发挥作用。环状RNA(circRNAs)是一种新型的非编码RNA，近期报道显示它与肿瘤发生息息相关，但从脂肪组织中提取的外泌体circRNA的作用尚未明确。

研究内容：

脂肪分泌的circRNA能调节HCC的去泛素化，从而促进细胞生长。外泌体环去泛素化(circ-DB)在体脂率较高的HCC患者中上调。体内外的研究显示，exocirc-DB通过抑制miR-34a和激活与去泛素化相关的USP7，来促进HCC生长并减少DNA损伤。最后结果表明，脂肪外泌体对肝癌细胞的作用可通过敲降circ-DB来逆转。

研究结论：

脂肪细胞分泌的外泌体circRNA通过抑制miR-34a，激活USP7/ Cyclin A2信号通路，促进肿瘤生长并减少DNA损伤。

目标ceRNA锁定思路：

基于已有研究成果，即miR-34a在HCC细胞中参与调控β-catenin的，Cyclin A2是USP7的重要下游靶基因，USP7/ Cyclin A2信号通路的激活促进了乳腺癌的进展。研究人员对脂肪细胞外泌体找那个USP7相关的circRNA进行分析，锁定目标circRNA。

circFMN2通过调节miR-1182/hTERT信号通路促进结直肠癌的进展

发布期刊：

Clin. Sci.  (IF:5.24)

关键词：

结直肠癌、外泌体、circRNA

研究背景：

环状RNA(CircRNAs)是一类在各种细胞中广泛表达的非编码RNA。然而，目前circRNA在结直肠癌(CRC)中的分子机制尚清楚。本文研究的目的是试图从circRNA-microRNA(MiRNA)-mRNA相互作用的角度为结直肠癌的靶向治疗提供新的依据。

研究内容：

采用ceRNA芯片技术检测了5对CRC癌组织及癌旁组织中circRNA的表达情况，并对差异表达的circRNA进行了分析。研究人员重点研究了位于1号染色体上，起源于FMN2的circRNA has_circ_0005100，并将其命名为circFMN2。利用qPCR检测了88例CRC癌组织和细胞系中circFMN2的表达,并通过功能分析来评价circFMN2在体内外对细胞增殖、肿瘤形成的影响。生物信息学分析预测，荧光素酶报告实验证实了circFMN2、miR-1182、hTERT的直接相互作用。

研究结论：

circFMN2通过与 miR-1182结合，解除miR-1182对hTERT的抑制作用，促进hTERT表达，进而促进结直肠癌的进展。

目标ceRNA锁定思路：

研究人员对ceRNA芯片结果中差异显著的前10个利用qRT-PCR进行扩大样本量验证，将芯片和qRT-PCR表达趋势一致，表达量高的circRNA锁定为目标ceRNA。

年份	文章标题	杂志	IF
2020	Circulating lncRNA UCA1 promotes malignancy of colorectal cancer via the miR-143/MYO6 axis	Mol Ther Nucleic Acid	5.92
2019	circTP63 functions as a ceRNA to promote lung squamous cell carcinoma progression by upregulating FOXM1	Nat Commun	11.88
2019	Exosome circRNA secreted from adipocytes promotes the growth of hepatocellular carcinoma by targeting deubiquitination-related USP7	Oncogene	6.63
2019	Circular RNA profile of parathyroid neoplasms: analysis of co-expression networks of circular RNAs and mRNAs	RNA Biol	5.48
2019	A novel circFMN2 promotes tumor proliferation in CRC by regulating the miR-1182/hTERT signaling pathways	Clin. Sci.	5.24
2019	Exosomal circRNA derived from gastric tumor promotes white adipose browning by targeting the miR-133/PRDM16 pathway	Int. J. Cancer	4.98
2019	The clinical characteristics and molecular mechanism of pituitary adenoma associated with meningioma	J Transl Med	4.09
2019	Potential ceRNA networks involved in autophagy suppression of pancreatic cancer caused by chloroquine diphosphate: A study based on differentiallyexpressed circRNAs, lncRNAs, miRNAs and mRNAs	Int. J. Oncol.	3.57
2019	MYB promotes the growth and metastasis of salivary adenoid cystic carcinoma	Int. J. Oncol.	3.57
2019	CeRNA Expression Profiling Identifies KIT-Related circRNAmiRNA-mRNA Networks in Gastrointestinal Stromal Tumour	Front Genet	3.52
2019	Long noncoding RNA expression profile and functional analysis in psoriasis	Mol Med Rep	1.85
2018	Functions and mechanisms of tumor necrosis factor-α and noncoding RNAs in bone-invasive pituitary adenomas	Clin. Cancer Res.	8.91
2018	CircNT5E acts as a sponge of microRNA-422a to promote glioblastoma tumorigenesis	Cancer Res.	8.38
2018	Circular RNA Expression Profile and Analysis of Their Potential Function in Psoriasis	Cell. Physiol. Biochem.	5.5
2018	LINC00852 Promotes Lung Adenocarcinoma Spinal Metastasis by Targeting S100A9	J Cancer	3.18
2018	Integrated analysis of long noncoding RNA expression profiles in lymph node metastasis of hepatocellular carcinoma	Gene	2.64

咨询电话：[phone](微信同号)

联系邮箱：[e-mail]